Argumen yang paling masuk akal digunakan untuk mengungkap penyebab Majapahit adalah perang suksesi yang terjadi berlarut-larut. Agus Sunyoto dalam bukunya Atlas Walisongo menyebutkan, bahwa awal kemunduran Majapahit bermula dari terjadinya Perang Paregreg selama hampir 4 tahun (1401-1405).
Perang tersebut terjadi antara Prabu Wikramawarddana sebagai penguasa Majapahit berhadapan dengan saudara iparnya Bhre Wirabhumi di Blambangan. Peristiwa ini selain membuat kekacauan daripolitik, juga membawa dampak buruk bagi keuangan negara.
Pasalnya selama pertempuran terjadi, pasukan Majapahit sempat membunuh 170 tentara China dibawah pimpinan Laksamana Cheng Ho yang sebenarnya tidak terlibat dalam konflik. Akibatnya, Majapahit terpaksa harus membayar ganti rugi kepada Kaisar China sebanyak 60.000 tail emas. Dari beberapa sumber, ternyata Prabu Wikramawarddana hanya mampu membayar 10.000 tail emas.
Setelah meninggalnya Prabu Wikramawarddana, ternyata konflik internal di tubuh Kerajaan Majapahit tidak berhenti. Setelah naiknya Rani Suhita sebagai Raja, pemberontakan terus terjadi, diantaranya pemberontakan Pasunggiri, Bali dan Bhre Daha, Putra Bhre Wirabumi.
Konon pemberontaan tersebut sempat berhasil menguasai istana Majapahit, namun bisa digagalkan oleh Arya Damar. Selain pemberontakan, pelemahan Majapahit juga diakibatkan digantinya orang-orang kuat dan cerdas oleh para penjilat yang tidak memiliki kelayakan.
Sebagai contoh adalah penggantian Mahapatih Kanaka, dihukum matinya Bhre Narapati yang berperan dalam penumpasan pemberontakan Wirabhumi serta disingkirnannya Arya Damar keluar pusat pemerintahan dengan menempatkannya sebagai Adipati Palembang.
Kekuasaan Rani Suhita berakhir pada tahun 1447, kemudian digantikan oleh Adiknya Dyah Kertawijaya yang naik tahta kerajaan Majapahit dengan sebutan Sri Prabu Kertawijaya Parakramawarddhana. Dalam Babad Tanah Jawi, Kertawijaya disebut dengan nama Raden Alit dan setelah menjadi Raja bergelar Brawijaya V. Penyebutan Brawijaya V ini didasarkan pada urutan raja laki-laki yang sah di Majapahit dimulai dari Sri Prabu Kertarajasa, Sri Prabu Jayanegara, Sri Prabu Rajasanegara, Sri Prabu Wikramawardhhana, dan Sri Prabu Kertawijaya.